为了统一标准，国家药监局将审批权统一上收，结束了药品审批乱象，这便是著名的“地标转国标”。据悉，当时需要重新审批的药品多达15万种。其中有不少是卫生药政部门赶在药监局成立前“抓紧”审批的。

　　由于换发文号工作量太大，郑筱萸曾签发了187号和582号两个文件，降低药品审核标准。文件中甚至出现了这样的语句：企业申报时提供的有关材料可为复印件，由省级药监部门重点审核其原生产批件和原始档案，专项小组仅对上报的资料进行形式审核，并对原始档案进行抽查核对。“一句‘形式审核’，让国家药监局的法定监督职责也变成了‘形式’。”

　　在将药品审批权上收之后，地方药监局的权力和利益大为缩水。不知是否为了“安抚”，国家局允许省级药监局审批三类以下的医疗器械。这使得医疗器械的监管比药品更为薄弱。有药品厂家看准这一机会，把原本在国家药监局难以注册的新药在地方省局以医疗器械的形式注册。

　　上海“打假医生”陈晓兰，十年来促使有关部门取缔9种问题医疗器械，正是处在这一背景之下。值得一提的是，这些昂贵的、经过合法注册的医械产品，有的甚至是在家庭作坊中生产。

　　陈晓兰后来知道，医疗器械领域最重要的一部法规《医疗器械监督管理条例》，是国家药监局成立后在短短七天内制定的，其主要起草者，正是国家药监局医疗器械司原司长郝和平——2006年药监反腐风暴中第一个落马者。而这部法规的出台，意味着产品质量法对医疗器械已经起不到约束作用。相应地，质监部门也退出了医疗器械的监管。
　　一药两制

　　3月8日，中国食品药品监督信息网上，出现一篇题为“市场化路线大败局”的热帖，作者“种瓜得豆”疑为药监内部人士。
 
    在他看来，医药合并意味着我国的药品市场化路线的失败。

　　这篇文章分析：在权力划分上，药监过小而卫生过大，药监对药品质量安全控制的权利不完整不充分，对卫生部门不具破坏力和推动力，对卫生体制发挥不了四两拨千斤的作用。

　　尽管药品管理法规定，药品监督管理部门依法对药品的研制、审批、生产、经营、使用进行全面监督。可由于历史原因，国家药监局成立十年以来，对于药品流通占70％以上、药品使用中最重要的环节——医院，却始终缺乏有效监督。由于很难监管到医院，药监局一度被业内人士戏称为“药店局”。

　　陈晓兰举报的所有问题都发生在医院里，她发现药监部门对药品和医疗器械使用的监管只能到“说明书”为止。“进了医院之后怎么用，药监(部门)说是医院的事，他们不管。”