就结果而言，原国家医药局似乎主导了这次中国药监史上的最大变革。据一位药监系统资深人士回忆，事实上当年成立国家药监局时，最为积极的也是原医药管理总局。“郑筱萸为此做了很多工作，请了很多人出国考察。”一位知情人士说。

　　在新成立的国家药监局120个编制中，原国家医药总局占了80个，原卫生部药政局有30多个，另有不到10人来自原中医药管理局。

　　“各方对此似乎都不满意。医药局尽管占了大部分编制，却因为原医药局有100人分流而不满；原卫生部药政局尽管大部分人都过来了，却觉得自己是外来人；中医药局的人则认为自己完全被边缘化。”上述人士说，“现在看来，当年药监局一成立就面临先天不足，原来就有矛盾的人撮合在一起，工作难开展。”

　　新药监系统似乎“生不逢时”——1998年恰逢新中国成立以来动作最大的一次机构改革，各部门纷纷裁人，为减轻分流压力，均对新成立的药监编制虎视眈眈。“有的地方上，药监局长是由地方领导的秘书甚至司机担任，根本不懂药。”

　　据悉，在新的药监系统中，省以下采取垂直管理模式，而主导者同样是各省原医药局。来自卫生系统的王力(化名)曾担任黑龙江省某县药监局副局长。据他介绍，当时不少县的医药局已经改革，变成了医药公司。结果因为要成立药监局，原来职工们“一步登天”，成了公务员。“甚至一些下岗多年的人也进了药监局”。

　　然而随着郑筱萸案的发生，形势则发生了根本变化。事实上，据国家药监局一位资深人士透露，郑筱萸案能够顺利查处，与国家药监局内原卫生系统干部的举报揭发密不可分。

　　郑本人落马后，全国药监系统开始整顿，不少卫生系统的干部被充实进来。以国家局为例，药品司司长、器械司司长、新闻发言人等多数重要岗位均来自卫生系统。办公室8名司级(含副司级)干部中，据说有6人来自于卫生部。省级地方局也是一样，据知情人士透露，郑筱萸案发生之后，不少地方药监局局长被调整，现在原医药局出身的局长已经寥寥无几。

　　管不了医院

　　国家药监局的成立，标志着我国“医药分家”时代的开启。自此之后，卫生部专管医院和医生，药监局则负责药品和医疗器械。中国的药品和医械的监管，第一次从体制层面脱离卫生系统。以后的事实证明，这种体制亦深深影响到中国的医改进程。

　　据称，药监局成立之初，时任总理朱鎔基曾将新任卫生部部长张文康和药监局局长郑筱萸叫到一起，对张文康说，“医出了问题我拿你是问”，然后又对郑筱萸说，“药出了问题我拿你是问”。